学校院级是什么意思？
“学院”是高等教育体系中一个比较特殊的存在，在中国古代，读书人只要考中了进士就会有人派差遣，称为“天子门生”；而进了“太学”(最高学府)则有了官身保障，称为“天子士”。这些词到今天都还在使用，如“太学”就是现在最高学府的统称——国立大学或综合性大学的简称。 那么古代的“府”“州”“县”又是什么呢？“府”在汉代是指治所设在城的郡，后来的“府”就是“路”的意思了；“州”是汉代治所设在州的郡，也就是现在意义上的地级市。“县”就是现在的县。
回到主题来，现代的大学一般是由若干个系(学部)组成的，系下面还有专业，专业下面是教研室等等。我们通常说某个学校的计算机系怎么怎么样，就是指这个系的某几个专业的水平如何。 而院校则是另一种管理单位，通常是以学校为单位，在学校之下可以设若干个分院或者校区，而每个分院（校区）下可以设若干个院，当然也可以设系，系再下设专业，而教研室等是最基础的单位。这种划分主要是考虑地域的问题，比如一所大学有A、B两个校区，每个校区下面可以各设三个院系，以此类推…… 所以院和系的区别主要在于：一个是按学科设置，一个是按地域设置。
至于你说到的各个部门领导直接向校长汇报，这是高校内部的管理事务，不属我讨论的范围。不过据我所知很多学校的院系都是直接向分管教学副校长汇报的，副院长(系主任)一般没有决定权，要报请院长签字才能执行。